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数据驱动精准医疗创新与变革

2017-12-31| 文章来源: 互联网|

摘要: 本报记者张伟报道日前,以“融合创新方案,芯领精准医疗”为主题的第三届英特尔生命科学信息技术论坛举行。来自政府、医学界、产业界、学术界等的代表齐聚一堂,分析数据驱动下的精准医疗现状与挑战,分享全球趋势和...

  本报记者 张伟报道

  日前,以“融合创新方案,芯领精准医疗” 为主题的第三届英特尔生命科学信息技术论坛举行。来自政府、医学界、产业界、学术界等的代表齐聚一堂,分析数据驱动下的精准医疗现状与挑战,分享全球趋势和新兴机会,共同探讨本土创新与实践。同时,本届论坛公布了一系列精准医疗领域的重要成果,进一步加速了精准医疗的普及化进程。

  数据驱动 精准医疗创新与变革“数据是精准医疗行业发展的"原力",准确、海量的数据是精准医疗的重要实现条件,如何有效地汇集、存储、管理和分析数据是目前精准医疗面临的关键挑战。”科技部重大科学计划转录组研究首席科学家、中国科学院北京基因组研究所研究员于军表示,以数据分析、云计算为主导的IT技术正与生物技术有机融合,从而实现对海量数据的提取和分析等,推动精准医疗的创新和落地。

  “精准医疗是数据驱动的科学,是生命科学、医学技术和计算技术融合的前沿领域。”英特尔公司全球副总裁兼中国区总裁杨旭表示,“对海量数据和各种形态数据的处理和分析是精准医疗的重点。英特尔作为一家数据公司,不断拓展计算的边界,提供大数据、云计算、人工智能以及网络存储等尖端技术,促进精准医疗的快速发展。”

  创新成果推动 精准医疗普及化

  目前,中国精准医疗已经成为国家层面推动和市场力量主导的战略性新兴产业。与会代表表示,中国正立于精准医疗的潮头,具备得天独厚的发展土壤。在数据的推动下,企业、医生、医院、基金组织和政府部门正在推进紧密合作。从本届论坛上发布的 一系列创新成果上可一窥端倪。

  论坛上,博德研究所、英特尔、华大基因、阿里云和浪潮联合宣布推出BIGstack解决方案和GATK中国社区。美国博德研究所GATK团队代表Kate Voss表示,博德研究所开放了GATK4的源代码,并与英特尔携手利用英特尔CPU、Omni-Path Fabric和SSD开发了博德—英特尔基因组学堆栈(BIGstack)的突破性架构。此外,华大基因将采用最新的GATK工具,并与阿里云合作,使客户能够在华大基因在线平台上访问GATK4、博德的工作流管理系统Cromwell以及WDL(工作流定义语言)。浪潮人工智能与高性能事业部总经理刘军表示,BIGstack这个交钥匙解决方案将作为参考设计,通过原始设备制造商(OEM)和系统集成商来提供,浪潮是中国首家提供这个交钥匙解决方案的OEM合作伙伴。据悉,GATK中国社区将为生态系统合作伙伴提供技术支持,合作伙伴致力于基于GATK4、Cromwell和WDL的研究和应用。

  此外,英特尔与上海市儿童医院宣布启动儿童健康协作云中心。该云中心是一个开放式平台,是双方针对儿童遗传基因组研究和数据交换应用于临床的范例。在合作伙伴的共同努力下,这一最佳数据交换框架已在上海市儿童医院、联盟医院和上海交大生物医学转化中心上线。同时,诺禾致源与英特尔共同成立基于RSD的可扩展基因组学中心,通过提高大规模数据处理能力以满足全球化、可扩展基因组数据中心模式的需求。

  华大基因副总裁王洪琦表示,华大基因推出采用英特尔FPGA的基因组一体机。基于FPGA的基因一体机加速了基因分析流程,提供更高的计算性能和更低的能耗,满足中国基因组学研发对基因组数据处理的最新要求。

  值得一提的是基因组一体机联合实验室的成立。该实验室是英特尔精准医疗伙伴计划的下属联盟,浪潮、UEC、华大基因、聚道科技、阿里云、Falcon和安诺优达与英特尔合作打造的,为医院和研究机构客户开发基因组学设备,以便处理本地数据分析需求,并提供更好的用户体验和出色的性能。

  对此,英特尔医疗与生命科学集团亚太区总经理李亚东表示:“实现"2020年一天内完成基因数据的收集、分析和解读"的愿景,推动精准医疗走好每一步,中国要在普及化上越走越快。”

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